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工程学院的研究生课程包括工程硕士课程, 化学工程理学硕士学位,不久将获得测绘学和减少灾害风险(geoDRR)硕士学位. 
 
工程硕士(MoE)项目成立于1995年,与其他五个成员学院合作,从工程和科学教育项目学院联盟(ESEP)的DOST. 非论文跟踪计划(特殊问题或实习论文的最高要求), 它最初的构想是一个面向实践的办法,以改进工程教育和提高该区域工程教员和专业人员的技术专长. 它一直是高等教育学院教师发展项目的交付机构. Today, 它继续发展来自该地区学院和大学的年轻工程教师的专业知识,以及来自邻近行业和政府机构的环境和能源工程领域的年轻专业人员, 以及工业系统管理.
 
8455新澳门路线网址首页也被CHED批准成为化学工程科学硕士项目的交付机构. 这是一个论文轨道项目,有两个专业:(1)污染控制工程和(2)先进能源技术. 
 
目前,测绘学和减少灾害风险硕士(geoDRR)项目的准备和开发工作正在进行中,该项目将于2022-2023年建成. 这将是欧盟资助的geoDRR项目的主要成果,该项目由工程学院和农业学院的农业和生物系统工程系共同参与, 与马来西亚的大学合作, Cambodia and Europe. 这是一个非论文硕士项目,将涵盖来自物理和地理空间科学的灾害风险和恢复力内容, 工程学科以及包括管理在内的社会科学专业, planning, 以及对当地和国际DRR法律和政策的调查. 学生将获得当前灾害风险和恢复力研究和实践领域的知识和技能, disaster risk drivers, risk communication, 以及减少灾害风险的策略, 抗灾能力建设理论与实践.